São organismo eucariontes heterotróficos (que não fazem fotossíntese), predominantemente unicelulares, que no passado eram tratados como fungos. São os "fungos" aquáticos, organismos pseudoplasmodiais, mixomicetos e quitrídias.Nesta parte do site, que trata dos organismos estudados pela botânica, não abordaremos os protozoários tradicionais, como os ciliados e amebas. Estes são estudados juntamente com a zoologia.
Atualmente, os cientistas interpretarem as descobertas feitas a respeito destes organismos como indicação de que não há relação entre estes protistas heterotróficos e os fungos verdadeiros, alocados no Reino Fungi. Apesar disso, eles continuam a ser descritos com a terminologia usada para os fungos. Por exemplo, estes organismos são chamados genericamente de "bolores", termo usual empregado para fungos. Também a nomenclatura segue este padrão. As divisões recebem o sufixo "mycota", utilizado na nomenclatura fúngica.
Estes organismos tem como substância de reserva o glicogênio, assim como os fungos e os animais.
Das quatro divisões quatro divisões heterotróficas incluídas como fungos protistas, duas consistem basicamente de organismos aquáticos: Oomycota (fungos aquáticos) e Chytridiomycota (quitrídias).
As outras duas divisões, Acrasiomycota (pseudoplasmodiais) e Myxomycota (mixomicetos plasmodiais), são basicamente terrestres.
Os fungos aquáticos e quitrídias tem estágios flagelados em seus ciclos de vida. Estes organismos ocorrem como parasitas ou sapróbios consumidores de matéria orgânica derivada de outros seres vivos.
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